Mi amigo Carlos Obando me paso esta informacion sobre la instalacion de MOSS desde linea de comandos con autenticacion de SQL, espero que les sea de utilidad
Si la granja NO existe
El primer paso es proceder con el SETUP de MOSS, cuando este finalice NO utiice el asistente de Productos y Tecnoligias de Sharepoint
Luego desde el STSADM ejecutar las siguientes lineas de comando.
psconfig -cmd configdb -create -server nombre de servidor -database SharePoint_Config_Edi -dbuser nombreusuario -dbpassword contraseña -user dominio\nombeusuario -password contraseña -admincontentdatabase SharePoint_AdminContent
psconfig -cmd helpcollections installall
psconfig -cmd secureresources
psconfig -cmd services -install
psconfig -cmd installfeatures
psconfig -cmd adminvs -provision -port puertoadministracioncentral -windowsauthprovider onlyusentlm
psconfig -cmd applicationcontent -install